Habiendo hecho los estudios correspondientes, se decidió crear una filial en la ciudad de Abancay, siendo materializado a través de la resolución Nº 4434-2007-R-UAP de fecha 24 de julio del 2007, luego de la construcción del primer pabellón, éste se inauguró el día 27 de octubre del 2007, iniciando sus labores administrativas en el jirón Santa Rosa con Grau y académicas en el jirón puno Nº 708, el día 29 de octubre del mismo año.
Al empezar sus labores, ésta Filial estuvo conducida por el Vicerrector Mg. Bernardino Sierra Álvarez, después de un año de labores se construyó un pabellón más, en donde funcionan aulas y laboratorio de ciencias de la salud; posteriormente se contó con la presencia del Dr. Rodman Souza Reátegui como Vicerrector interino hasta la llegada del Vicerrector Mg, Winder Armando López del Águila, a quien reemplazó el Mg. Jose Antonio Castañeda Pelaez, Mg. Cleidy Sofía Farfan Ruiz, Mg. Maria Elena Salcedo Robles, Dr. Jaime Nuñez Roman, Dr. Segundo Garcia Rodriguez.
Actualmente se ha incrementado algunas carreras profesionales como Administración y Negocios Internacionales, Ciencias Contables y Financieras, Derecho, Ingeniería Civil, Obstetricia y Psicología Humana. Se ha implementado la Escuela de Posgrado con las maestrías en Docencia Universitaria y Gestión Educativa.
