La Filial Huancayo fue creada por la visión expansionista y prospectiva del Dr. Fidel Ramírez Prado, Rector de la Universidad Alas Peruanas, quien encargó a la Dra. Janet Mirela Díaz Vega –colaboradora institucional– para que inicie las gestiones de tan importante proyecto. En el año 2003 presentó el proyecto de expansión de la Universidad Alas Peruanas en la Región Central del Perú e inició las diferentes gestiones ante el Consejo Nacional para la Autorización del Funcionamiento de Universidades (CONAFU).
Las gestiones para la culminación de este proyecto y para democratizar la Educación Superior en el Centro del Perú continuaron durante tres años más, cumpliendo con la documentación necesaria ante la Asamblea Nacional de Rectores (ANR). En el año 2006, el CONAFU aprueba con fecha 26 de enero la Resolución N° 019 que autoriza el funcionamiento de la Filial Huancayo de la Universidad Alas Peruanas, con carreras profesionales: Psicología Humana, Ingeniería Ambiental, Administración y Negocios Internacionales, Ciencias Contables y Financieras, Ingeniería Civil, Derecho, Tecnología Médica en el área de Radiología.
El primer Vicerrector de la Filial Huancayo fue el Ing. Luis Bernardo Guzmán Cabrera, quien sentó las bases para el desarrollo institucional y su visión a futuro. Desde aquel tiempo la Filial Huancayo cumple con los dispositivos legales que formalizan y garantizan su existencia a nivel regional y nacional.
La Filial Huancayo apertura la Educación Superior para las poblaciones más apartadas y alejados de la Región Junín. Cumple con la noble tarea de promover los potenciales del capital humano y gestionar los recursos disponibles de manera responsable.
